Casey Stoner, Brno’daki ikinci antrenmanlarda Valentino Rossi’den liderliği aldı. Ducati sürücüsü, 1:57.231’lik derecesiyle Rossi’den 0.179 saniye daha hızlıydı.
Yine ilk sıralardaki sürücülerin Bridgestone lastiklerini kullananlar olduğu gözden kaçmadı. İlk on içinde tek Michelin kullanıcısı Colin Edwarsd’tı.
Suzuki ile iyi bir performans sergileyen Loris Capirossi üçüncü olurken ilk antrenmanların üçüncüsü Nakano dördüncü sırada yer aldı.
1. Casey Stoner Ducati (B) 1:57.231
2. Valentino Rossi Yamaha (B) 1:57.410 + 0.179
3. Loris Capirossi Suzuki (B) 1:58.000 + 0.769
4. Shinya Nakano Honda (B) 1:58.228 + 0.997
5. Alex de Angelis Honda (B) 1:58.264 + 1.033
6. Chris Vermeulen Suzuki (B) 1:58.462 + 1.231
7. Colin Edwards Yamaha (M) 1:58.672 + 1.441
8. John Hopkins Kawasaki (B) 1:58.830 + 1.599
9. Toni Elias Ducati (B) 1:58.881 + 1.650
10. Sylvain Guintoli Ducati (B) 1:58.923 + 1.692
11. Jorge Lorenzo Yamaha (M) 1:58.977 + 1.746
12. Andrea Dovizioso Honda (M) 1:59.094 + 1.863
13. James Toseland Yamaha (M) 1:59.328 + 2.097
14. Randy de Puniet Honda (M) 1:59.405 + 2.174
15. Marco Melandri Ducati (B) 1:59.943 + 2.712
16. Dani Pedrosa Honda (M) 2:00.540 + 3.309
17. Anthony West Kawasaki (B) 2:00.621 + 3.390